phaser（phASER 计算等位基因表达）
本文目录
phASER 计算等位基因表达
等位基因的特定表达（allele specific expression，ASE）数据是后续分多分析的基础。利用它可以识别印记基因、研究蛋白截断变异以及用于量化顺式（cis）调控遗传变异的影响。虽然下游的分析具有多种形式，但是第一步总是要获得ASE数据。在最基本的层面上，ASE数据由RNA-seq读到的杂合子SNP位点生成，根据它们的序列可以对reads进行分型。但是一般情况下，不使用indel型变异，因为indel周围干扰数据的正确比对。 这里整理工具phASER（phasing and ASE fromRNA-seq）的具体用法，这个软件可以获得等位基因全部单倍型的可靠表达水平。 软件的作者认识 这是产生ASE数据的黄金标准，并且获得的数据可以用于任何感兴趣的下游分析。 phASER 运行于Python 2.7.x 并依赖下列包: SciPy , NumPy , samtools , tabix , bedtools , Cython 随后对软件进行解压 phASER 需要VCF文件和比对的bam文件。 注意：phASER是利用VCF文件中的杂合位点计算等位基因表达水平。 首先VCF需要压缩和建立索引 bam文件需要建立索引 如果bam文件是STAR产生的，mapq选255；如果bam文件是hisat2产生的，mapq选60。sampleID由call SNP之前的AddOrReplaceReadGroups 决定。 --threads N 线程数，但是phASER对多线程优化不好，使用多线程以后，很容易出报错。 prefix_output是输出文件的前缀，需要注意的是输出文件较多，为了防止文件混乱，最好每个样本输出到一个目录下。 --temp_dir ./tmp 为了防止系统没有空间储存临时文件，最好指定临时文件的位置。 --id_separator默认的分隔符是下划线 ‘_’ ， 如果基因组scaffold的命子中包含下划线，这里要重新指定。 --output_read_ids 输出单倍型的reads ID，这个参数默认是0。reads ID的结果在haplotypic_counts.txt 这个文件里。 如果软件运行成功，最后会有类似信息 --haplotypic_counts 入读的文件是上步产生的 prefix.haplotypic_counts.txt --features 为基因bed注释，这里要求要有基因名，染色体名和之前bam、vcf中的一定要一致。 结果文件如下：aCount 和 bCount 列是唯一比对到单倍型的reads数，可用于下游分析。 aCount 对应vcf中ref单倍型，bCount对应vcf中alt单倍型。
phaser学习总结之phaser入门教程
最近公司做项目的时候正好使用到phaser,在这里做一下自己整理出来的一些心得，方便大家参考，phaser这一个游戏引擎通常是做2d游戏的，入门也非常简单，只需你会一点的javascript,但是你想做一个比较完美的游戏的话，那么光靠一点点的javascript是远远不够的，本篇博客将快速带你入门phaser。 phaser是一款快速，免费及开源HTML5游戏框架，它支持WebGL和Canvas两种渲染模式，可以在任何web浏览器环境下运行，游戏可以通过第三方工具转为iOS、Android 支持的 Native APP，允许使用 JavaScript 和 TypeScript 进行开发。 phaser中的一切都是从Game类开始，所以我们暂时将Game类当作phaser的中心吧！当你new了一个Game之后，game中的很多属性就有了，phaser的核心可以用如下这张图表示。 这里我们经常使用的对象有load,time,world,input,camera。 在开发中，我们经常使用方式五创建phaser对象，当然你也可以根据自己的喜好选择，就看你是喜欢函数创建还是对象创建。 画布宽度，数字或字符串类型可选参数，默认为800，如果以字符串的形式给出，该值必须在0到100之间，为百分比，如果没有指定父容器，则默认为浏览器窗口 画布高度 指定渲染机制，值可以是Phaser.WebGL,Phaser.Canvas,Phaser.AUTO(自动尝试使用WebGL,如果浏览器或设备不支持，使用canvas)或者Phaser.HEADLESS(不进行渲染) 想插入游戏画布的DOM元素，画布的父元素，可选值为DOM本身或者是id,如果为空字符串，画布将被插入到body元素中 默认的状态对象，对象类型，可以是null,也可以是Phaser.state函数(初始化，预加载，创建，更新，渲染) 画布背景是否透明，布尔值，默认为fa
更多文章：
2024年4月29日 23:40
红米note95g官网价（京东的红米note95g为啥比官网便宜）
2024年4月6日 23:20
2024年4月20日 05:20
诺基亚塞班智能机（诺基亚塞班是不是智能机 我说是 有个比老跟我抬杠）
2024年3月9日 23:40
锤子坚果手机售后电话（锤子科技（北京）有限公司售后邮寄接收地址及电话）
2024年5月28日 06:30
2024年3月11日 16:20
2024年6月4日 14:30
2024年2月25日 07:20
三星1080和骁龙865哪个好（三星1080和骁龙870哪个更好）
2024年5月4日 06:40
2024年4月15日 18:50
小米最好的笔记本电脑（小米最薄笔记本 Air 13发布，首发价4999元起，这个价格贵吗）
2024年5月1日 00:40
2024年3月11日 04:00
2024年6月6日 11:10
2024年6月2日 14:50
2024年3月29日 19:00
华为畅享7 plus刷机（华为畅享7plus怎么将自己的安卓系统从7.0升级到8.0以上）
2024年6月12日 16:40
2024年2月27日 16:10
2024年5月7日 07:20
rtx2060官方售价（淘宝的丐版rtx2060是这个样子的吗2400到2700这些，是公版吗还是说非公版）
2024年5月7日 14:10
